Национальная академия наук Украины – три проекта с Институтом истории Украины НАН, Институтом политических и этнонациональных исследований (руководитель с российской стороны – К. В. Никифоров, А. Л. Шемякин, Е. Ю. Борисёнок).
С июня 2008 года в Институте действует исследовательский центр «Украина и Россия» (руководитель – М. В. Дмитриев, сотрудники – А. Л. Хорошкевич, И. В. Михутина, О. Б. Неменский, А. М. Шпирт). См. также Центр украинистики и белорусистики МГУ им. М. В. Ломоносова.